Inspiré d’un authentique fait divers datant du 19^ème qui a fait trembler les campagnes françaises (l’affaire Vacher), Le Juge et l’assassin met en place un face-à-face entre la Justice et un dément. Réformé par l’armée pour déséquilibre mental, rejeté par Louise, sa fiancée, l’ex-sergent d’infanterie Bouvier (Michel Galabru) ne se donne comme seul choix que de tirer sur l’objet de son amour avant de retourner l’arme contre lui. Mais le meurtre comme son suicide rate. De cet épisode, il gardera deux balles dans la tête. Interné pour un temps à l’asile de Dole, il en ressort soi-disant guérit. Il va alors errer sur les chemins de la campagne française. Se réclamant du statut d’envoyé de Dieu, il idolâtre la vierge, continue d’écrire à Louise… tout en violant et étranglant les jeunes bergers et bergères croisés sur son chemin. L’ancien militaire va rapidement terrifier la population. Les différents meurtres font la Une des journaux pendant que les enquêteurs piétinent persuadés que les assassinats sont perpétrés par plusieurs individus. Le juge Emile Rousseau (Philippe Noiret), exerçant à Privas (Ardèche) va alors se saisir de l’affaire, plus par recherche de notoriété que par professionnalisme. Son ingéniosité va le mettre sur les traces de Bouvier. La course infernale de « l’éventreur du sud-est », comme l’aime à l’appeler les journalistes,  va être interrompue par le magistrat carriériste et hypocrite. A une époque où l’antisémitisme est béni par l’église, où on brûle Zola et où l’affaire Dreyfus est à son apogée, le juge est bien décidé à obtenir la tête de l’ex-sergent quitte à nier la folie du tueur. Et il arrivera à ses fins car Bouvier sera décapité. Pendant que le magistrat se retrouvera au tribunal pour réclamer un titre honorifique, la classe populaire prendra conscience de l’injustice de la condamnation et donc de la manipulation bourgeoise orchestrée par le magistrat. A la fin du film, l’anarchie touche la classe populaire.

En mettant en scène un face à face entre un tueur et un assassin, Bertrand Taverier donne à la justice une place centrale. En effet c'est à travers elle, qu'il va s'employer à fustiger la société du 19ème siècle. Ainsi, contrairement à « l’éventreur du sud-est », personnage marginal des campagnes, Emile Rousseau est l’incarnation de l’ordre bourgeois du dix-neuvième siècle. Provincial, timide et hypocrite, il vit avec sa mère et traque les juifs, les facteurs de désordre, les suspects et surtout les honneurs. Arriviste, il considère chaque chômeur comme un coupable notoire. Le juge Rousseau est un inquisiteur sans scrupule à la justice expéditive. Avec la peinture de ce protagoniste, c’est donc toute une classe sociale que le cinéaste fustige. En effet, il incarne une justice de classe acharnée à écraser les petits. Carriériste, le parcours criminel de Bouvier est pour lui une chance qui pourrait le mener à Paris. Comme Bouvier, il est le produit d’un ordre social conjuguant l’injustice, la bêtise et le profit. Ainsi, le seul souci du juge sera d’obtenir les aveux du tueur et de réussir à ce que ce dernier ne soit pas considéré comme fou. Il se fait alors corrupteur en faisant jouer son influence sur les médecins en charge de l’évaluation mentale de Bouvier. Pour lui, la résonance de son affaire pourrait être celle de l’affaire Dreyfus. Avec cette comparaison, les remous antisémites, qui agitaient le pays au temps où l’affaire Dreyfus faisait plus de bruits que l’affaire Vacher, affleurent . Le juge va donc faire preuve d’acharnement, mobilisant la presse, s’asservissant les médecins et faisant jouer son autorité. Car comme il en témoigne lui-même, il « se fiche que Bouvier soit innocent ou non », ce qu’il veut c’est son affaire. D’ailleurs, la fin du film illustre l’excès du carriérisme du magistrat puisqu’il se retrouve au tribunal, défendu par un avocat qui réclame la légion d’honneur pour son client. De part son entêtement, il se rend coupable d’un meurtre légal, élément dont le peuple prendra conscience à la fin du film. Aucune empathie avec le spectateur n’est aménagé. En effet, Bertrand Tavernier semble vouer une véritable haine au magistrat. C’est dans un esprit de cruauté délibérée qu’il représente des scènes familiales. Cruauté que l’on retrouve dans les caractéristiques du procureur judiciaire incarné par Jean-Claude Brialy.

Revenu de Cochinchine, accompagné d’un « boy » qui fait toute sa fierté, le procureur Monsieur de Villedieu accompagne le juge tout au long de son affaire. Ainsi, le personnage du juge Rousseau permet une intrusion dans la bourgeoisie afin de la disséquer au bistouri. Le procureur qui se clame royaliste, se revendique aussi antisémite car c’est un phénomène de mode, pas dangereux et béni par l’église. Comme le juge et le reste de la haute-bourgeoisie, il est fermement opposé à Mirbeau et Zola. Malgré ses affinités avec Emile Rousseau, ce personnage subira une évolution. Pensant au départ comme le juge, il finira par reprocher au magistrat son manque de loyauté et par être convaincu de la folie de Bouvier. Quelques scènes plus tard, le spectateur découvrira le procureur venant de se suicider comme si la prise de conscience des travers de sa société lui avait été trop insupportable.

Le personnage du juge permet donc une entrée dans la haute société afin de mieux critiquer les rapports entre les représentants du pouvoir, de la culture et de la religion. Ainsi, à l’entrée des églises, le spectateur pourra lire des affiches du type : « Lisez La Croix, le journal le plus anti-juif de France ». Bertrand Tavernier dénonce les mœurs de l’époque. Au nom du nationalisme, des fanatiques brûlent les livres de Zola. De plus, du haut de sa chaire, le prédicateur condamne les partisans de l’école laïque, c’est-à-dire les institutions qui font lire Jules Vallès, Zola, Les Misérables et qui font le jeu des francs-maçons ou des juifs : L’école laïque n’a pas d’autre but que de pourrir la patrie. La religion est véritablement tournée en dérision. Ainsi, le personnage du juge, tenté par l’inquisition, traque l’anarchiste de Dieu, pendant que les dames des  bonnes œuvres font signer aux clochards, qui veulent une assiette de soupe, « un acte patriotique contre le traître Dreyfus ».  De plus dans les salons bourgeois, les références à Maurros sont légion afin de magnifier la grandeur de l’empire. C’est l’époque où Tombouctou vient de tomber, où les missionnaires en Indochine se dévouent pour que se répande la civilisation chrétienne. L’arrière-plan historique constitue donc une dimension importante du discours du cinéaste. C’est l’époque de l’affaire Dreyfus, des attentats anarchistes, de l’expansion des mouvements syndicaux, des luttes de l’église contre l’école républicaine et du nationalisme exacerbé. L’ordre établi, dont le juge Rousseau est l’un des représentants, s’attire donc les foudres du cinéaste. D’ailleurs il n’hésite pas, en citant Octave Mirbeau, à montrer que les exploitants savent camoufler sous des idées dites nobles, leur goût de la puissance et du meurtre. Et la justice n’est pas exempt de cette dimension satirique. En effet, elle apparaît comme juste bonne à protéger la bourgeoisie et à faire valoir ses droits. Ainsi, elle est montrée dans toute sa partialité, à travers le juge Rousseau. Car il s’agit bien d’une justice de classes que met en scène le cinéaste. Pendant qu’elle condamne un fou à la peine de mort, ses représentants peuvent braver les interdits en tout impunité (séquence dans laquelle le juge Rousseau viole sa maîtresse), manipuler la presses, les opinions. Ainsi, Bertrand Tavernier montre ici une justice démoniaque, capable de tout pour avoir la tête de celui qu’elle a d’emblée désigné comme coupable. Mais outre, le fait que le juge  manipule les médecins et Bouvier pour avoir ses aveux, il refuse les droits les plus élémentaires à l’accusé ( refus d’un avocat commis d’office, de soins médicaux,..) . Le représentant de la loi comme le corps qu’il représente sont montrés comme capables de condamner un être sur leur seule opinion. La Loi a ici un pouvoir de vie et de mort sur le peuple.